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生物醫藥行業無論是從生產過程還是到生物醫藥純水處理設備的清洗，都需要采用大量的高純水，因此對制水系統的特別保護也就是對藥品生產用水安全，衛生的保障。生物醫藥純水處理設備的操作不當就會引起膜性能的損壞。反滲透設備中有殘余氣體在高壓下運行，經常會出現膜損壞的情況，常有兩種情況發生：
A、生物醫藥純水處理系統排空后，立即重新運行，對于設備內的氣體沒有完全排盡就立即適當對其升壓，應在2～4bar的壓力能達到將對于氣體排放的情況。
B、在預處理設備中一定要注意與高壓泵之間的密封，一定看好是否漏水，對于預處理來說，一旦沒有達到完好預期的供水時，一定會出現設備堵塞現象，在密封不好的地方由于真空會吸進部分空氣。這時我們需要做的就是應清洗或更換微濾器，以此才能保證管路不漏。總之，應在流量計中沒有氣泡的情況下逐步升壓運行，運行中發現氣泡應逐漸降壓檢查醫院使用的設備出現問題的原因。
C、關機時對于生物醫藥純水處理設備無論是外部還是內部都沒有達到良好的清洗效果，設備中膜兩邊有著不同的濃度，一般來說比進入設備的原水要有更高的濃度，所以很容易被污染。
D、用投加化學試劑用的水就可以進行預處理沖洗。
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